弘武元年五月，明帝显德的一道禅国诏书为朱明王朝长达二百八十二年的统治划上了句号。伴随着旧王朝的结束，新王朝的诞生，中原各地也就此结束了延续6年的“军管状态”。取而代之的是中华王朝崭新的行政制度。
新帝国将目前所能控制的行政区域划分为：黑龙江、辽蓟、河北、陕西、山东、安徽、江西、直隶、浙江、福建、河南、湖北、湖南、广东、广西、海南、云南、贵州、四川、陕西、台湾，二十一“行省”。另设立乌思藏宣慰司、朵甘思宣慰司、沃儿都宣慰司、南洋宣慰司，四大“宣慰司”。故而时人又称其为“四司二十一省”。
此外中华朝在地方行政机构设立上也做了相应的调整，分设省、府、县三级政府。废除原来明朝设立的巡抚、巡按、道台等临时职位。改设“省政使”、“省御使”为省级行政、司法长官；“知府”、“监察使”为府级行政、司法长官；“知县”、“县丞”为县级行政、司法长官。宣慰司级政府则设立“藩司”、“总督”二职负责军政大权。以上地方官职均由中央统一任命。
这种将地方行政与司法权拆分的布置，其实算不上是孙露的创新。早在明朝建立之初，明太祖朱元璋为了防止日后出现唐朝末地方势力割据的情况。他便在地方设立了布政使、提刑按察使和都指挥使，来拆分地方的行政权、司法权和兵权。但从永乐年间起，明朝皇帝为了加强中央统治，对付地方出现的农民起义，又另设了巡抚、巡按、总督等官职来监视地方官员。然而，正如唐朝的节度使一样，巡抚和总督最终没有帮助中央完成加强控制的任务。相反这些下放的巡抚、总督们最终成了集行政、司法、军事为一身的地方最高长官。并逐渐演变成了南明时期的地方割据势力。中华朝废除巡抚、巡按等职，将地方行政权和司法权再次拆分，也正是为了防止再次出现地方割据势力。
与地方行政、司法机构相对应的是各级地方议会。由于之前中原各地还处于战乱之中，因此之前仅东南、华南地区建立起了比较完善的地方议会。然而随着帝国疆域的扩大、政局的稳定，其他内陆地区也开始陆续组建地方议会起来。为了便于日后的管理，提高议会的运作效率，中华朝在制定行政制度的同时，亦制定了一套完整的议会制度。
依照中华朝的规定地方议会同样分为“省议会”、“府议会”、“县议会”三级。其中以县议会为基础，由民众推选出县议员；再由县议会选举产生府议员。以此类推，逐级选举，最后由省议会选举出国会议员，代表各省赴京参加五年一度的国会。当然皇帝钦点的国会议员可直接进入国会，不必经过层层选举。
此外在理论上，各级地方议会仅对同级或同级以下的地方政府拥有“质询权”、“立法权”及“财政权”。但依照《弘武宪诰》中有关议会的条款规定：如若一省或一府中三分之二以上的府（县）议会，对其上级议会表示不满，可联名上书中央要求解散上级议会重新选举。同样的三分之二以上的府（县）议会也可通过联名上书，跳过上级议会直接弹劾质询上一级地方行政司法官员。但省议会要弹劾国会或内阁，则需要四分之三以上的省议会联名上书，且需得到皇帝的首肯。
除了对地方制度进行了重新整改外，中华朝的中央行政、司法机构亦发生了一番不小的改动。随着海禁的开放、商业的发展、以及政府对庶政的日益重视，明朝中央行政结构过于简陋无法适应社会发展的问题也跟着日渐显露。当然这其实并不是什么新鲜问题。由于当初朱元璋在设计行政制度时，就带着不少乌托邦色彩。这位农民皇帝将他的国家当作了一个大村庄。商业、工业等等因素都被排斥在了国家的控制之外。然而，事实却是整个世界都在发展，无论皇帝愿意与否社会的分工都在变得越来越细化。国家这艘庞大的帆船，已经不可能再象二百多年前那样，在皇帝一人的督导下按照厘定分工合作的程序周而复始地运转了。它需要船上的每一个人都发挥其作用来应付可能发生的诸多暴风雨。
于是在经历了隆武朝六年的摸索后，中华朝的新内阁由原来的六部，扩充为十二部，分设：内务部、财政部、文教部、外务部、枢秘部、警务部、工商部、农林部、工务部、军务部、陆军部、海军部。并依照《弘武宪诰》中的规定，由皇帝从这十二个尚书中指派内阁首相。借于孙露曾以兵部尚书的身份出任内阁首相，为了不给新朝遗留下隐患，防止日后军人弄权。黄宗羲等人便在修定《弘武宪诰》时特意注明军务、陆海三部尚书不得出任内阁首相。虽然此举明显限制了军方在内阁中的作用。但比起前朝来军人在政治上的地位还是得到了极大的提高。
而新内阁中刑部的废除也标志着中华朝行政机构与司法机构的彻底分离。一直以来由刑部、督察院、大理寺构成的三法司是封建制度下典型的政法合一体系。这使得中国的司法制度始终难以得到独立。虽然孙露在隆武朝时便已将督察院与大理寺合并为司法院，但内阁依旧能通过刑部来控制整个司法系统。因此，为了让司法院能更好的制横内阁，此次的新内阁中废除了沿用百年的刑部。只保留其部分安全防暴职能，改由警务部替代。
相比地方政府和内阁的改组，中华朝的司法机构这次变更的幅度就明显小得多。这一来是因为中华朝的司法体系刚刚开始独立，还未能完全成型。二来则是因为明朝的司法机构本来就比其他行政机构要臃肿得多。因此新朝依旧遵循隆武朝精简机构的原则，将最高司法机构定为“司法院”。司法院下设“大理寺”和“督察司”，并由此二司延承之前刑部的部分职能。其中大理寺作为中华朝的最高上诉机关，下设刑科、民科、吏科，分别处理刑事案件、民事案件、以及行政案件。
中华朝这一系列的制度重整，不仅是为了整顿明朝的种种弊政治，更是为了摆脱之前六年军政内阁对国家的不良影响。特别是战争结束后军队的改制更是摆在孙露和内阁面前的严峻任务。当然军队乃是国家的根本。一味的放纵，或是一味的打压，都是危险的举动。只有在循序渐进中将军队由乱世的“战斗状态”转化为和平时代的“备战状态”，才不会使国家丧失安全和战斗力。而这一转变最先就是从划分军区开始的。此次军务部在先前划分的二十五个行政区的基础上，分别设立了甘陕路、辽蓟路、直隶路、闽粤路、滇贵路等五路军区。其中除直隶路担当战略预备军区外，其他各路军区都有明确的职责和作战对象。每一路军区各设一名督统，一名总监负责统领该路军区的军务。
于是依照着中华朝有关行政、司法、军务的一系列设定，弘武皇帝孙露在登极的当天便签署了新内阁以及司法院的名单。分别由史可法任内务尚书、陈邦彦任财政尚书、朱舜水任文教尚书、李启新任外务尚书、陈子龙任枢秘尚书、范例任警务尚书、罗胜任工商尚书、沈廷扬任农林尚书、方以智任工务尚书、萧云任军务尚书、张煌言任陆军尚书、陈奇策任海军尚书。以此组成弘武内阁由陈邦彦出任内阁尚书。另由沈犹龙出任司法院左督御史；汤来贺出任司法院右督御史兼大理寺卿。