临近年末封印的时候，方从哲、孙如游两人和章嘉呼图克图的谈判终于有了结果。()双方达成协议，大明支持章嘉呼图克图在原奴儿干都司属地传教，并允许黄教教徒在受到宗教迫害时，进入大明境内避难。

其实，能拖这么久，还是朱由校一再把关的结果。否则，按照方从哲、孙如游两人的死要面子活受罪作风，必定会三言两语就定了案。然后，朝廷就会和黄教喇嘛打不清的官司，烦不胜烦。

而如今，在朱由校的一再坚持下，协议中的条款定得很细，双方的权利义务也划分的很明确。而在最后，方从哲、孙如游代表着中央政府，章嘉呼图克图代表着黄教教门，双方共同签署了一份正式文件，并勒石为记，史称《黄教协议》。

在这份协议里，首先规定了黄教和朝廷的关系是臣属的关系。每一代的章嘉呼图克图，都要经过朝廷的册封，方能正式确认。而转世灵童的挑选甄别，也必须在朝廷使者的主持下举行。

同时，为了避免新一代的章嘉呼图克图被地方势力控制，双方约定，转世灵童必须在乌斯藏选出。

根据协议，朱由校当即便颁布了圣旨，封章嘉呼图克图为活佛，掌管辽东及原奴儿干都司属地黄教事务。并拨出白银万两，为章嘉呼图克图择地修寺院。

不过，仅有一个寺院是满足不了朱由校的需求的。

为了帮黄教迅速在奴儿干地区站住脚，朱由校还给章嘉呼图克图出了一个招，让他大胆的向大明商人借贷。用借贷来的银子去修寺院，然后在分期偿还。

“陛下，我们出家人六根清净，那有什么钱还债啊？”章嘉呼图克图一脸的不乐意，向皇帝哀求道。

朱由校才不想听他哭穷，要知道，这些出家人的心肠是最狠毒的了。他们占据着大量土地、人口，却不给朝廷交半分税。还借着天上神佛的名义，不停的向朝廷要钱，向信徒要钱……

“上师说的倒也有道理，”朱由校微微一笑，却用手指了指协议，“这上面不是写了吗？在寺庙旁边，建设市场，供商人交易所用……”

章嘉一愣，这条不是你们强行要求的吗？和我有什么关系？

见章嘉一脸的迷茫，朱由校急忙解释道：“这市场，可是朕给寺庙的一桩财路啊。

每个寺庙旁，都会建上一个市场，供信徒交易所用。而朕，也会督促官吏，派出商队去市场上交易。这样一来，市场自然可以收到许多赋税……”

听皇上这么一说，章嘉的眼睛登时便亮了，“陛下的意思是，这些赋税都归寺庙所有？”

朱由校顿时便呆住了，这六根清净的人，脸皮也真厚啊……

“上师误会了，”朱由校笑着摇摇头，“这些赋税，朕准备分成三份，寺庙一份，奴儿干都司一份，当地土司一份。”

听皇上提起奴儿干都司，章嘉便是一愣，“……陛下要从新设置奴儿干都司。”

“上师帮朕教化百姓，朕心甚慰，”朱由校打起了哈哈，“可奴儿干地区毕竟虎狼成群，朕岂能坐看上师陷于虎狼之口？设置奴儿干都司，正是为了保护上师的。”

见章嘉还在犹豫，朱由校便承诺道|：“上师放心，朝廷不会干涉寺院事务。而寺院遇到困难时，却可以向奴儿干都司求救。”

章嘉沉吟了一会儿，便双手合十，向皇帝表示感谢，“……陛下牵挂小僧安危，小僧感激不尽。”