同时李王龙华帝君：刘天绪，还约定于12月23日，长至日乘官祭陵之机起事，后因其众：陈继学，等人惧怕事发祸及，先期告变。

被明南直隶兵部尚书：孙钅广，于12月18日，发兵捕获无为教徒四十九人，杀刘天绪一人，其余发配边疆充军。

再次上任的明辽东总镇总兵兼宁远伯：李成梁，因守不住东边建州八部之一董鄂部放牧地的宽甸六堡，遂与明蓟辽总督：蹇达、明辽东总镇巡抚：赵楫，商议放弃该地，将堡内的六万户居民全部迁到内地抚顺守御千户所，凡留恋家室，不愿迁徒者，即动军队用武力强迫他们迁居，造成死亡者不计其数，还命令辽东明军后退三十里！

此事被明兵科给事中：宋一韩、明都察院湖广道监察御史兼辽东总镇巡按：熊廷弼，两人上奏称“弃地非良策，应当分兵把守。”

还大骂明辽东总镇总兵不负责任，对此明神宗俱不听，而是继续采用了明辽东总镇总兵的建议！至此辽东都指挥使司屏障尽被撤除。

幸亏此时女真诸部族的首领人物，相继死亡，又加上朝廷重开辽东都指挥使司开原卫、广宁卫，之间的马市和木市，使得各族人民友好往来，于是八年时间内辽东都指挥使司平静少事。

不过明建州左卫军民指挥使：爱新觉罗·努尔哈赤（佟·努尔哈赤）也趁机把势力扩张到了明军防线，并借此机会又去京城朝贡大明天子表示守卫边疆的忠心。

明万历三十五年公元1607年正月28日，明陕西总镇巡按：余懋衡，疏劾明陕西矿监税使：梁永，私自运载大宗货物到京畿，且多用民夫马匹。

此举让明陕西矿监税使大恨，指使其党明西安府判官：乐纲，收买膳夫两次下毒，企图害死明陕西总镇巡按。

但被明咸宁县知县：满朝荐，发现他不畏强权，直接逮捕了膳夫，欲置于王法，明陕西矿监税使惧祸及己，亲率其党携兵器冲入县衙内，因县中卫兵早有防备，才让明陕西矿监税使的阴谋没有得逞。

此时西安府军民皆称明陕西矿监税使必反，但他却自称“并无反意。”

而暗地里竟养甲士数百人，伺机反抗，使得西安府咸宁县、长安县、临潼县、蓝田县、咸阳县，等地亦下令严厉打击明陕西矿监税使一伙，更让矿监党徒见势不妙，多数已稍稍离去，窜到渭南县。

明咸宁县知县闻讯，为了除暴安良，紧急提兵追击，双方打斗互有所伤，吓得明陕西矿监税使见状大为恐惧，便暗中命人藏奏书于头发里，并火速入京诬告明咸宁县知县抢劫上供朝廷的货物，且杀死税役数人投尸河中。

被明神宗得知后大怒，不问真假便命北镇抚司锦衣卫提骑抓人。

2月初5日，因新任的大明安南都统使：黎维新，刚刚嗣位，遣使来明进贡，被明神宗批准，而此时在安南都统司已经失去政权的莫氏宗党们则多流窜处滨海地区，并往往僭称公、侯、伯、名号，还不断侵犯我大明帝国广西承宣布政使司边境。

新任的大明安南都统使竟无力制止，其后莫氏宗党仍数次来犯，边境之民颇受其害。

明云南总镇总兵兼黔国公：沐睿、明云南总镇巡抚兼都察院右副都御史：陈用宾，以教化八关十二堡闻名，初期临安府教化三部长官使司自相残杀，导致；龙胜安、张德胜兄弟，支角□羊白氏一家：白麟奔，就侬氏：侬应祖、广南府苗族酋长：智高，等也相继被打残。

之后明八寨长官使：李世茂，预谋召安南长官使司兵力，以攻取教化三部长官使司获得福利时，却不料明安南长官使：武德成，颇以兵力自雄占据了临安府交冈县与明南丹县员外郎：张仲林、明蒙自县牛羊寨首领：侬金贵，联合拥兵象军十万人攻打临安府教化三部长官使司、八寨长官使司，尽躏其地。

其中明云南总镇巡抚屡遣谕书劝说，但叛贼们任然不退，使得临安府蒙自县、阿迷州、一带风雨飘摇。

明临安府提学道兼云南提刑按察使司佥事：范允、明临安府左参将：张名世，等以诸夷合兵入内地而势不可久宜，因诸酋力奋明军，在被击破之时明安南长官使，宣称“安南都统使司黎朝（黎敬宗弘定惠郡王：黎维新）的弘定七年安南黎朝国内从贼皆称王公骤用兵割据。”

意思是让他们趁着明军围剿之际，南下投降安南都统使司，这下让诸酋们不知定方向，且明军乘胜追击来势汹汹，斩其清郡公：黄文通，缚叛舍：李世茂，降其句贼者：白麟所，俘斩百四十五。

而叛贼：武德成、张仲林、侬金贵，皆以扰乱边界罪押赴京师斩首，并查侬应祖之党是否有相助？