兴平二年（公195年），李傕杀樊稠而与郭汜在长城中各自拥兵相攻。刘协派尚书、侍中去为李、郭二人和解，二人不从。为了争得政上的主动权，郭汜阴谋将刘协劫持到自己的军营，不未等郭汜下手，消息已经走漏，李傕抢在前面，派兵将刘协、皇后、宫人大臣们劫去。
李傕、郭汜相攻数月，死万数，长城几乎变成一片废墟。不久，献帝在原李傕部将杨奉、牛辅部曲董承等的护卫下，摆脱了李、郭的控制，逃往弘农，进驻邑。又辗转东行。
建年（公196年），时兖州刺史的曹操迎刘协入驻洛阳。刘协赐曹操节钺，标着了曹操“奉天子以令不臣”的时开始了。随后曹操胁迫刘协迁都到许，称许都。但刘协依然是一个没有实权的皇帝。曹操虽然利用刘协来试图实现他统一中国的目的，却不敢他而自立为皇帝。
这时中原地区袁绍和曹操两大势力正进行着频繁的政和军事斗争。孙策占了江东，刘表占了荆州，刘璋割益州，凉州为韩遂、马腾占有，公孙度盘踞辽东。刘协东还，无疑是一面可利用的旗帜。曹操抢率军进驻洛阳，得了“挟天子以令诸侯”的地。着，他挟持刘协迁都许县。
建年（公200年），刘协不满曹操大权独揽，不甘心作为傀儡，乃暗下衣带诏，令董贵人的父亲车骑将军董承设法诛杀曹操。董承遂与左将军刘备、长水校尉种辑、将军吴子兰、王子服等一起密谋，结事败露，董承等人都曹操诛杀，怀孕的董贵人也绞杀。
伏皇后畏惧曹操，于是写给的父亲伏，尽数曹操残暴不仁之事，希望伏能够效仿董承，铲除权臣，但伏始终未敢行动。
建十年（公214年），伏皇后要其父伏诛杀曹操的密谋败露，曹操要挟献帝废黜伏皇后，献帝写好了废黜伏皇后的诏书。
着，派御史大夫郗虑拿着诏书，同尚书令华歆一起带兵包围皇宫搜捕皇后。伏皇后藏到宫中的夹墙里，华歆拖出。
伏皇后披头散发赤脚走出，向刘协哭诉救，刘协无奈地说：“朕也不道自己的生命么时候结束！”过头来对郗虑说：“郗公！天下有这道理吗？”伏皇后幽闭而死，刘协与所生的两皇子亦以毒酒毒杀，伏氏宗族余人处死。
建二十年（公215年），曹操威逼刘协立其女曹节为皇后。
延康年（公220年），魏王曹操去后，子曹丕继。其时，虽然有孙权、刘备的不断犯边，但本不成气候，中原腹地的和平已成定局。除旧布新，建立新朝，已经是人心所向。各种力量都在推动曹丕行动。那些曹氏部属也在设着如何弹冠相庆，如何分新朝一杯羹。于是便有小臣去逼去劝汉献帝效唐虞旧，把帝禅让给魏王。“率我唐典，敬逊尔”，公220年12月10迫刘协禅让帝给他，刘协告祭祖庙，使张音奏玺绶诏册，禅于曹丕。曹丕在繁阳亭登上禅坛，玉玺，皇帝。
随进入许都，延康年为黄初年，国号为魏，追尊曹操为武皇帝，庙号太祖，封刘协为山阳公，允许他在其封地奉汉正朔和服色，建汉宗庙以奉汉祀。曹丕还同时给刘协留了句客气话：“天下的好东，我跟你可以一起享。”
由于当时盛传刘协杀，所以刘备便以汉室宗亲的身分皇帝，建立蜀汉（刘备便是汉昭烈帝），追谥刘协为“孝愍皇帝”。
魏明帝青龙二年（234年）三月庚寅（4月21日），刘协寿终正寝，魏明帝曹叡率群臣亲自哭祭。八月壬申，以汉天子礼仪葬于禅陵。谥号为孝献皇帝。
逊之后，刘协不以政为意，而是融入民间，关切民生，体会姓之苦以医为业，悬壶济，为病人解除痛苦。刘协当皇帝时虽然窝囊，但退后却是个称职的乡村医生，深姓爱戴，民众敬之如父母。
刘协为山阳老姓免费病，走到哪里，就看病在哪里。经刘协所救，存甚众，姓皆感激涕零，山阳不少地方都为他立碑，以示爱戴。
刘协在山阳间，曾多到云台山附近药，在天家岩上嵇山亭内的石刻画像中，就有“山阳公行医图”。对于从云台山上挖下来的中草药，刘协从不费，扎针、艾灸、拔罐、刮痧都不要钱，只有对购来的药物，酌成本。刘协的这种行医方，传至。
在农村，“中药不还价，针灸不要钱”等民俗，说就是从刘协那时留下来的千年老规矩。
刘协贬到山阳后，皇后曹节拼死相争，也得以来到刘协身边。刘协和曹节二人携手到云台山药，施医救民，虽无法与宫中生相比，却也成就了一段佳话。
姓出于对他俩的感激之，尊称他们为“龙凤医家”。另外，刘协的子孙中有不少也居山阳。有娇妻子孙陪伴身边，得享天伦，处于亲、人、民的温馨围绕中，这也是刘协不幸中之大幸。。
兴办义学，是刘协在山阳的又一大贡献。黄初年224，刘协、曹节夫妇看到山阳旧的校舍残垣断壁，处处是危房，便倾其所有，捐钱修校舍，聘请有望、有学问的卜商前来，宣布不论贫富人家的子弟，都可以育，贫穷人家的孩子也有了读书的机会。可以说，刘协山阳公国时，是山阳继魏文侯建立山阳邑校以来的又一个繁荣时。
当皇帝，刘协无法施个人华当山阳公，刘协却可以一身手。经过十多年的休养生息，山阳人民居乐业，业兴旺。闲时，刘协喜欢到浊鹿城的小山上登高远眺。盛夏季节，他到国的家岩游玩，一边纳凉，一边观赏吼声如雷、喷珠溅玉的天门瀑布，在那里留下了“避暑台”的遗迹，现在该处尚有宋人石刻“汉献帝避暑台”个大字。