尼米兹的决战让日本人感到有些不可思议，历史上的大规模海军决战都向来是集中主力而后动，美国人却相反之逆行，在日本人眼中，美国的经济潜力虽然巨大，但转入战时状态还需要一个过程，尤其是美国是民选政府，日本预计美国1943年夏季才可能在太平洋上集中力量组织反攻，而日本则完全有时间进一步推进战线，扩大防御圈，让本土处在一个绝对安全的环境中，控制乃至占领澳大利亚就是日本这一疯狂战略的最终反映，日本陆海军一致认为澳大利亚将是英美借以反攻的最大据点，但由于陆军主力深陷于中国以及远东，日本陆军根本无力出兵登陆澳大利亚，唯一可行的战略选择将是切断其与珍珠港的联系，让美国人无法利用澳大利亚作为反攻的基地。

于是，日本海军在1942年2月初，占领了澳大利亚东北的俾斯麦群岛的拉包尔基地，开始修建扩大海港与机场，日军随后相继占领了新几内亚的莱城萨拉莫阿，按计划随后即应对图拉吉和新几内亚东部的莫尔比兹港实施登陆，不过但由于美国航母在附近的出现以及频繁的活动，日军只得将这一计划推迟实施。

直到三月底，第五航空战的翔鹤号和瑞鹤号第五巡洋舰队妙高号和羽黑号从印度洋抽调归建回到特鲁克，于是日本海军又开始计划进攻图拉吉和莫尔比兹港，只不过此番日军的计划存在非常大的问题，那就是因为南方总军隶属的陆军师团在印度作战的失败，而且中国派遣军又遭遇了中队的大反攻，远东方向关东军为了维持攻势难以抽调部队，只能从南方总军所属的第一方面军抽调四个师团增援中国派遣军，所以更缺少部队进行岛屿攻坚战，况且日本海军缺乏足够的运兵船和登陆舰。

1942年5月5日，日本海军联合舰队主力集中了第五航空战队第五巡洋舰队和二十六艘驱逐舰作为机动部队从特鲁克出发南下，横于夏维夷和新几内亚群岛之间，伺机消灭盟军水面舰只，登陆掩护编队由祥凤号轻型航母八艘巡洋舰六艘驱逐舰组成的登陆编队，海军陆战队第二联队主力作为攻占莫尔比兹港的先头部队。

作为联合舰队司令官的日本海军实际战略制定者的山本五十六也认识到了，美国完全可以输掉中途岛，而日本则必须赢得中途岛之战，因为这是交战双方的战争潜力的总体对抗，美国即使输掉中途岛，其强大的工业生产能力和数万公里的防御纵深依然可以让美国有时间可以重新部署的机会，而日本假如输掉中途岛之战，其纠集全国最后本钱组成的强大海上突击群，就再无翻身的机会。

5月11日，美国海军第五舰队，斯普鲁恩斯海军上将指挥，集中了主要水面作战舰船一百四十艘，包括航空母舰十五艘战列舰七艘巡洋舰二十一艘驱逐舰六十九艘潜艇二十八艘，舰载机九百五十九架，组成第一第二第三突击集群。